Efter privatdetektiven Harry Goodmans mystiska försvinnande försöker hans son Tim ta reda på vad som hänt. Till sin hjälp har han den hysteriskt roliga och gulliga superdeckaren Pikachu. Tillsammans ger de sig ut på ett fartfyllt äventyr genom Ryme Citys neonbelysta gator för att lösa mysteriet. På vägen avslöjar de en ondskefull plan som hotar hela Pokémon-universumet. Speciellt pokemon kort ingår med filmen.