Pokémon Heroes: Latias & Latios är en spännande film där Ash och hans vänner befinner sig i Altomare, en stad där vattnets berättelse om byns beskyddare, två Pokémon vid namn Latias och Latios, är starkt förknippad. Legenden säger att de vaktar Altomare och den åtråvärda "Själarnas Juvel". Gänget försöker leta efter juvelen, men det är fler som är ute med helt goda avsikter. Annie, Oakley och Team Rocket är i staden för att slå klöarna i juvelen, och om de lyckas får det katastrofala följder...