Åren kring 1989 var händelserika och innebar ett uppsving för intresset för regionen, framförallt bland akademiker, politiker och journalister. Det uppstod något som liknade en eufori i samhället. På två år fördubblades antalet studenter. De politiska partierna i riksdagen bestämde att det skulle ges extra pengar till Institutionen för öststatsforskning vid Uppsala universitet. Som en följd av murens fall ändrades Institutionen för öststatsforskning namn 1991 till Institutionen för östeuropastudier.

1993–1994 var Gerner lektor på institutionen. Då två professurer i östeuropaforskning upprättades 1994, gick de till Kristian Gerner och Anders Fogelklou.

Mycket har emellertid hänt i det som kallas Öst- och Centraleuropa sedan 1989. Många av länderna har splittrats upp i flera stater och utvecklats åt olika håll. Tillsammans med Stefan Hedlund och Niklas Sundström gav Gerner 1995 ut boken Hjärnridån – det europeiska projektet och det gåtfulla Ryssland (Fischer & Co). I den argumenterar de för att det öster om den nedmonterade järnridån finns en hjärnridå, bortom vilken transitionen från bland annat planekonomi till marknadsekonomi svårligen låter sig genomföras med gott resultat. Boken är en skarp vidräkning med vissa forskare, politiker och idéer. Sju år efter bokens utgivning kan det vara på sin plats att utvärdera utvecklingen efter 1995; exempelvis har Ryssland under Putin fått en viss styrsel och landets ekonomi har förbättrats. Finns det anledning att omvärdera metaforen hjärnridån? Kommer det en hjärnridå 2?