I en okänd tid och galax plågar rymdpirater universum med stölder och kapningar av fraktskepp. Historien börjar när ett gäng pirater snubblar på en livsform från en planet som heter SR-388. Livsformen stals efter att piraterna legat i bakhåll för ett ett forskningsskepp gömt någonstans i galaxen. Vad piraterna inte visste var att livsformen, som forskarna kallade Metroid var ansvarigt för förstörelsen av planeten SR-388!