Marion Wagner, född den 1 februari 1978, är en tysk friidrottare som tävlar i kortdistanslöpning.

Wagner deltog vid VM 1999 på 100 meter men tog sig inte vidare till semifinalen. Vid VM 2001 blev hon åter utslagen i försöken på 100 meter. Däremot blev hon världsmästare i stafett 4 x 100 meter tillsammans med Melanie Paschke, Gabi Rockmeier och Birgit Rockmeier.