Günter Blobel, född 21 maj 1936 i Waltersdorf i Schlesien (nuvarande Niegoslawice i Polen), död 18 februari 2018 i New York,] var en tysk-amerikansk biolog. Han tilldelades Nobelpriset i fysiologi eller medicin år 1999 för "upptäckten att proteiner har inbyggda signaler som styr deras transport och lokalisation i cellen".

Blobel tog doktorsexamen 1967. År 1976 blev han professor vid Rockefeller University i New York.