Ergo Proxy Volume 2 indeholder episoderne: Awakening, Confession, Escape from Home og Shining Sign.

Re-l forlader Romdos beskyttede samfund for at hente Vincent og rense hans navn. Hendes søgen og overbevisning bliver sat på prøve og Re-l indser, at hun har levet på en løgn. Billedet af Romdo ændres helt, da hun sammen med Vincent kommer nærmere og nærmere det ukendte.