Spelet börjar med att man möter studenten och huvudpersonen Squall Leonhart, som går på militärskola Balamb Garden. Han blir senare medlem i Gardens elitstyrka SeeD. Squall är tystlåten och tillbakadragen. Efter vissa händelser dras han och hans kamrater in i en internationell konflikt och måste hindra trollpackan Edea att förstöra världen.