Våra vänner Ash, Pikachu och resten av gänget är på väg för att se Millenniumkometen, en komet som bara visar sig i sju nätter, vart tusende år. På vägen möter de en resande cirkus med trollkonstnären Butler och hans assistent Diane och de blir vänner. Samtidigt som Millenniumkometen visar sig vaknar också Jirachi upp från sin slummer. Jirachi är en Pokémon som kan uppfylla önskningar, något som skapar lite kaos i lägret. Speciellt när någon i deras närhet smider onda planer.