Gunnar Hedrén, född 20 april 1865 i Gunnarskogs församling, Värmlands län, död 11 september 1941, var en svensk läkare och professor.

Hedrén blev medicine doktor vid Karolinska institutet och docent i statsmedicin samma år. 19020-10 var han tillförordnad professor i patologisk anatomi 1902-10 innan han blev ordniarie professor 1910. Han var därefter från 1918 professor i stats- och rättsmedicin, och blev samma år ledamot av Medicinalstyrelsens vetenskapliga råd. Han var även sakkunnig i kommissionen rörande nytt kliniskt sjukhus i Stockholm 1926, ordförande i kommissionen örande rättsobducentväsendets omorganisering 1920, 1920–1922 vice ordförande i Karolinska Institutets Nobelkommitté, och 1926-31 ordförande i samma kommitté.

1927-32 var han karolinska institutets rektor samt ordförande bland sakkunniga för utredning om de akademiska befordrningsväsendet 1930. Hedrén har författat en mäg vetenskapliga arbeten, till stor del publicerade i tidskrifter.