Spelet börjar med att soldaten Terra tillsammans med Wedge och Biggs anfaller gruvstaden Narche för att kunna få tag på en s.k. esper. Men när Terra och hennes medhjälpare når espern så reagerar både den och Terra på något lustigt sätt, och på samma gång så dödas Biggs och Wedge. Terra hittas senare medvetslös av en medlem inom motståndarrörelsen The Returners, men när hon vaknar så har hon inga minnen om de senaste händelserna. Tillsammans med Locke så lyckas hon fly vakterna från Narche och möter ett stort äventyr framför sig.